Description du projet
MS-QUANTA
Financée par l’Union Européenne et la Wallonie dans le cadre de la programmation FEDER-FSE 2014-2020, la plateforme MS-QUANTA permet l’identification et la quantification absolue de biomarqueurs (poly) peptidiques. La particularité et l’atout de MS-QUANTA est de s’appuyer sur deux plateaux parfaitement complémentaires, localisés l’un dans la plateforme « BioProfiling UMONS/ULB » et le second au sein de la plateforme GIGA-Proteomics (GIGA-ULiège). Cette structure permet notamment de satisfaire les exigences imposées dans le cadre de la validation de candidats biomarqueurs. MS-QUANTA sera ouverte à tous les acteurs du secteur des biotechnologies.
Les équipements
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MS-QUANTA
Deux plateformes complémentaires pour l'identification et la quantification absolue de biomarqueurs (poly) peptidiques.
S’appuyant sur un intérêt fort du milieu industriel et hospitalier wallon, sur son savoir-faire et sa renommée dans ces domaines/technologies, et dans la continuité des projets FEDER précédents, les équipes du GIGA de l’ULiège, du Service de Protéomie et de microbiologie de l’UMONS et du Service de Microbiologie et de Biologie structurale de l’ULB ont décidé de regrouper leurs forces vives afin de créer la plateforme MS-QUANTA, visant à renforcer la capacité de validation de candidats biomarqueurs de nature polypeptidique. Les exigences d’une méthodologie indépendante de l’instrumentation, la nécessité du haut débit et l’importance des études multi-sites sont rencontrées par MS-QUANTA qui aura la particularité et l’atout de posséder deux unités complémentaires et parfaitement coordonnées, situées dans les deux bassins regroupant la grande majorité des acteurs du monde biomédical et de la biotechnologie en Région Wallonne. Outre le caractère impératif d’une instrumentation différente et complémentaire entre les deux unités (composées d’instruments de routine et d’instruments de développement), la complémentarité des développements méthodologiques sera également un point fort de la plateforme MS-QUANTA. Les exigences de qualité et d’efficacité seront rencontrées au sein du plateau par la mise en place d’un système qualité commun (grâce à l’expérience déjà acquise et reconnue du « Center of Analytical Research and Technology », CART, et des plateformes GIGA), d’une standardisation, d’une harmonisation des procédures opérationnelles, d’une gestion commune informatisée des ressources et du suivi des analyses.
MS-QUANTA à Liège
L’unité liégeoise de la plateforme MS-QUANTA se focalisera sur la protéomique guidée par l’imagerie par spectrométrie de masse. Dans l’approche protéomique classique, l’ensemble des protéines du protéome est analysé. Cependant, la gamme de concentration des protéines couvrant jusqu’à 12 ordres de grandeur, l’analyse des échantillons est très complexe et une approche ciblée (targeted proteomics) des biomarqueurs s’impose. Cette approche contribue à mettre en évidence des protéines peu abondantes. Néanmoins, elle n’est pas suffisante et une étape d’enrichissement des biomarqueurs potentiels est nécessaire. Lors de l’analyse de biopsies, l’hétérogénéité de l’échantillon dilue les signaux intéressants par le signal provenant des tissus sains. La collecte des zones spécifiques à la pathologie peut être réalisée à deux conditions. Il s’agit d’une part de définir des zones d’intérêt pertinentes et d’autre part de disposer d’un instrument d’identification et de quantification des biomarqueurs très performant. Notre approche consiste à guider la protéomique par l’imagerie MALDI pour identifier les zones d’intérêt, de micro-disséquer par laser les zones identifiées et enfin de réaliser une analyse protéomique sur un nombre minimal de cellules. Nous avons publié récemment la preuve de concept de cette approche. Ceci augmentera la sensibilité globale de la méthode de quantification pour la validation des biomarqueurs, ce qui est une limitation de l’approche SRM lors d’analyse de biopsies, le plus souvent hétérogènes. Des études rétrospectives valorisant le matériel biologique précieux des biobanques pourront ainsi être menées pour des campagnes de validation.
MS-QUANTA à Mons
L’unité montoise de la plateforme MS-QUANTA se focalisera sur les étapes de préfractionnement des échantillons complexes par des approches de chromatographie liquide – étape indispensable pour pouvoir, entre autre, cibler des protéines faiblement présentes et permettre d’effectuer des analyses dans un timing raisonnable dans le contexte du « haut débit » sans perte de la résolution analytique.
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